L'histoire se passe en 1878 à Tōkyō. Kenshin Himura, ancien assassin surnommé Battosaï, littéralement : "maître dans le dégainage de l'épée ", durant l'ère Edo, cache un passé très lourd...
Devenu un vagabond depuis l'instauration de l'ère Meiji, il parcourt le pays muni de son sabre à lame inversée, avec le désir de ne plus tuer. Il rencontre une jeune fille qui cherche à protéger son dōjō, Kaoru Kamiya, et finit par s'installer chez elle après l'avoir aidée. Peu à peu, ils vont rencontrer leurs futurs compagnons : Yahiko Myôjin, un garçon issu de la classe des samouraïs qui devient le disciple de Kaoru, et Sanosuke Sagara un adepte en bagarre de rue.
Malgré son désir de ne plus tuer, Kenshin se fait rattraper par son passé et le gouvernement a souvent besoin de lui. En effet, même si la paix est rétablie dans le Japon, certains hommes cherchent encore leur place dans cette nouvelle société loin d'être parfaite. De plus, malgré la nouvelle place de Kenshin aux côtés de Kaoru, persiste en lui une pensée sombre et douloureuse.
Le premier combat qui va réellement mobiliser toutes les forces de la bande de Kenshin est celui mené contre Aoshi Shinomori et les Oniwaban Shu. Puis, le Japon est convoité par Shishio Makoto, lui aussi un ancien assassin, que le gouvernement Meiji a tenté d'éliminer lorsqu'il n'en a plus eu besoin, et qui garde des brûlures sur tout le corps comme séquelles. Kenshin doit alors se rendre à Kyoto, il semblerait qu'il soit difficile pour lui de ne pas rompre son vœu de ne plus tuer. Mais Kenshin remporte la victoire. Quelque temps plus tard, un homme du nom de Enishi Yukishiro convoite une vengeance particulière pour Battosaï. En effet il est le frère de la défunte épouse de Kenshin Himura, Tomoe Yukishiro, ou Himura Tomoe, morte des mains du Battosaï par accident.
episode
1 - Battosai Himura
2 - Yahiko Miyojin
3 - Celui Qui A Effacé Le Passé
4 - La Voie De Sanosuke Sagara (1/2)
5 - Lame Inversée Contre Zanza (2/2)
6 - Kurogasa, sombre visiteur (1/2)
7 - Bataille au clair de lune (2/2)
8 - Une femme mystérieuse (1/4)
9 - Les Oniwaban Shu (2/4)
10 - Aoshi Shinomori (3/4)
11 - Ombre et lumière (4/4)
12 - Naissance d'un jeune guerrier
13 - Toramaru le Sumotori
14 - Le défi de Megumi
15 - Deux assassins légendaires (1/2)
16 - L'épée secrète de Shinden (2/2)
17 - Marimo, le canon humain
18 - Yahiko et l'épée à lame inversée
19 - Les ambitions de Raijuta (1/3)
20 - La résurrection de l'école Shinko (2/3)
21 - La fin d'un cauchemar (3/3)
22 - Premier voyage en train
23 - Le portrait de Sagara (1/2)
24 - Kenshin vs. Sanosuke: la revanche (2/2)
25 - Le dragon des mers (1/3)
26 - Shura, la fille pirate (2/3)
27 - La fin des Kairyu (3/3)
28 - Le retour du Loup
29 - Le pire ennemi
30 - La revanche démoniaque
31 - L'impensable
32 - En route pour Kyoto !
33 - Le retour d'Aoshi
34 - Misao Makimachi
35 - Le village de Shingetsu
36 - Makoto Shishio
37 - Le sabre divin de Sojiro
38 - L'entraînement de Sanosuke
39 - Le dernier sabre de Shakku
40 - Combat fatal
41 - Le maître de Kenshin
42 - Alliance et trahison
43 - La technique de succession
44 - Les Juppongatana
45 - Comme un oiseau !
46 - Le purgatoire
47 - Coup de poing mortel
48 - Le salut d'Anji
49 - Le pouvoir de Gatotsu
50 - Promesses à tenir
51 - Réveille-toi, Aoshi !
52 - L'attaque de l'Aoya
53 - L'arme destructrice
54 - Le Shukuchi
55 - Une nuit d'orage
56 - Combat ultime
57 - Les deux survivants
58 - Moment de gloire pour Shishio
59 - La roue tourne
60 - Shishio contre Kenshin
61 - Le choix de la vie
62 - Souvenir de Kyoto
63 - The Legend Of The Fireflies
64 - The Birth Of Prince Yahiko
65 - Find The Lost Treasure
66 - Kaoru Ecstatic
67 - The Gleaming Blade of Legends
68 - The Medallion Of Destiny
69 - To The Battlefield of Shimabara
70 - Shock of the Rai Ryu Sen!
71 - The conspiracy of Kaiou
72 - Days of remorse
73 - The Sneering Demon
74 - Sanosuke's Tears
75 - The Last Crusade
76 - Bon Voyage
77 - There's a Himura Dojo in Shimonoseki. Another Battousai Appears!
78 - The Artist's Crush - A Romantic Spree at the Hakone
79 - Kaishu Katsu and Kenshin - The Destiny of Two Men
80 - The Unending Revolution A Destiny Forced Upon Kaishu
81 - Conspiracy of the Benaioi
82 - Kaishu Katsu's Determination
83 - Yutaro Returns
84 - The Sanada Ninja Squad and the Elixir
86 - A Heat Wave from Beneath the Earth
87 - The Collapse of the Black Knights!
88 - Yahiko and Yutaro's Ethernal Vow
89 - To my Angel Misao - a Fetching from Kyoto
90 - The Mistery of the Pentagram Spread!
91 - The Magic of Feng Shui Kamiya Dojo is Targeted!
92 - Tokyo under Martial Law! The Deadly Ryu Myaku
93 - The Enemy Awaits in Senjogahara
94 - The Elegy of Wind and Water
95 - End of Wanderings
Lun 22 Juin - 22:44